მტკვრის აუზში წყლის რაოდენობის და ხარისხის მონიტორინგზე პასუხისმგებელი მთავარი ორგანო აზერბაიჯანში გარემოს მონიტორინგის დეპარტამენტი, ხოლო საქართველოში კი გარემოს ეროვნული სააგენტოა. მართალია ეს ორი უწყება წყლის რაოდენობასა და ხარისხზე დიდი ოდენობით მონაცემებს აწარმოებს, ერთი და იმავე პარამეტრთან დაკავშირებით მათ მიერ მომზადებული მონაცემების ერთმანეთთან შედარება რთულია ხოლმე, რადგან მათ მიერ ჩატარებული ლაბორატორიული ანალიზები ერთმანეთთან შეუთავსებელია.